Kelurahan Keparakan secara struktur organisasi pemerintah merupakan salah satu wilayah di bawah Kecamatan Mergangsan Kota Yogyakarta. Adapun batas-batas geografisnya yaitu: sebelah timur adalah wilayah Kelurahan Wirogunan Kecamatan Mergangsan, sebelah selatan berbatasan dengan Kelurahan Brontokusuman Kecamatan Mergangsan, sebelah barat berbatasan dengan kelurahan Panembahan Kecamatan Kraton dan sebelah utara berbatasan dengan Kelurahan Prawirodirjan Kecamatan Gondomanan.

Perbatasan wilayah Kelurahan Keparakan disebelah selatan berupa jalan raya yaitu Jalan Kolonel Sugiyono, sebelah timur berupa Sungai Winongo,sebelah barat berupa tembok beteng Kraton Ngayogyakarta dan sebelah utara permukiman warga. Salah satu fasilitas umum yang ada di wilayah Keparakan yaitu Makam Umum Sasono Loyo yang lahan dan pengelolaannya milik Pemerintah Kota Yogyakarta.

Dari sisi perangkat kewilayahan Kelurahan Keparakan terdiri dari atas: 

1. Wilayah Kampung terdiri atas 4 (empat) Kampung: Kampung Keparakan Lor, Kampung Keparakan Kidul, Kampung Dipowinatan dan Kampung Pujokusuman.

2. Wilayah Rukun Warga terdiri atas 13 (tiga belas) RW

3. Wilayah Rukun Tetangga terdiri atas 58 (lima puluh delapan) RT.